Universität Freiburg bietet Großrechner-Plattform

Computergrafik mit Zahlenreihen, Gen-Modell, menschliches Gesicht
Freiburger Uni bietet einfach zu bedienenden Online-Plattform zur Datenanalyse (Foto: © kentoh/fotolia.com)

Die Universität Freiburg bietet europaweit für Forschende aus Biologie, Medizin und Pharmazie eine leistungsstarke Großrechner-Infrastruktur an, wodurch die Analyse großer Datenmengen beschleunigt wird. Das Team um Bioinformatik-Professor Rolf Backofen koordiniert seit 2015 ein Leistungszentrum, das vom Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF) mit etwa 5,8 Millionen Euro gefördert und nun zu einem europäischen Leistungszentrum erweitert wird. Damit nimmt die Gruppe in bundes- und europaweiten Netzwerken eine führende Rolle ein.

„Die Interessen und Anliegen der Nutzerinnen und Nutzer stehen bei uns im Vordergrund“, betont Backofen. „Wir wollen sie dazu befähigen, leistungsstarke Rechner mithilfe einer einfach zu bedienenden Online-Plattform eigenständig zur Datenanalyse zu nutzen.“ Dazu ermöglicht das Team nicht nur den Zugriff auf Großrechner, sondern bietet auch Beratung und Workshops an – das alles kostenlos und auf Open-Source-Basis.

Forscher Backofen und Grüning
Freiburger Forscher: Björn Grüning, Leiter des Freiburg Galaxy Teams (l.), und Rolf Backofen, Professor für Bioinformatik. (Foto: Patrick Seeger)

Intuitive Steuerung

Schwerpunkt an der Universität Freiburg ist das Galaxy-Projekt, das als Teil des Sonderforschungsbereichs „Medizinische Epigenetik“ entstanden ist. Es handelt sich um eine ursprünglich an der US-amerikanischen Penn State University entwickelte Online-Plattform, über die Wissenschaftler leistungsstarke Rechner für ihre Forschung einsetzen können. „Die Forscher laden ihre Daten hoch und können anschließend unterschiedliche Analysewerkzeuge anwenden und kombinieren, Parameter verändern, die Daten in das jeweils passende Format umwandeln und vieles mehr – alles auf einer einzigen Plattform“, erklärt Backofen. Einen wesentlichen Vorteil sieht er in der einfachen Bedienbarkeit: Anstatt Programme zu entwickeln, wie es in der Informatik üblich ist, können die Nutzer alle Einstellungen für die Datenanalyse bequem über eine grafisch aufbereitete Oberfläche im Webbrowser vornehmen.

Fokus RNA-Bioinformatik

Moderne Methoden zur Untersuchung von Zellfunktionen, zum Beispiel in der Genomforschung, sorgen für enorme Datenmengen. Die Bioinformatik liefert die Werkzeuge, um diese Mengen zu verarbeiten. Ein inhaltlicher Fokus liegt in Freiburg auf der RNA-Bioinformatik. In den vergangenen Jahren hat sich gezeigt, dass die Ribonukleinsäure (RNA) eine wichtigere Rolle spielt als bisher angenommen: Neben der Aufgabe, Erbinformation in Proteine umzusetzen, ist sie an allen wichtigen Prozessen der Zelle beteiligt. Mit ihrem RNA-Bioinformatik-Zentrum ist die Universität Freiburg eines von acht Zentren im Deutschen Netzwerk für Bioinformatik-Infrastruktur (de.NBI), das vom BMBF gefördert wird.